Ngoài những chuyển biến về chất lượng giáo dục phổ thông, báo cáo cũng nêu quá trình thực hiện còn các hạn chế.
Trong đó, báo cáo này chỉ rõ việc thực hiện nội dung, phương pháp và hình thức giáo dục, kiểm tra đánh giá chưa tương xứng với yêu cầu đổi mới giáo dục phổ thông. Việc đổi mới quản lý giáo dục theo yêu cầu tăng cường giao quyền tự chủ cho cơ sở giáo dục trung học còn hạn chế.
Về SGK và tài liệu giáo dục của địa phương, việc lựa chọn ngữ liệu, hình ảnh, thông tin, nội dung khoa học ở một số bản mẫu SGK chưa phù hợp với đối tượng học sinh, còn có sai sót.
Việc tổ chức lựa chọn SGK còn một số hạn chế; ở một số địa phương việc lập hồ sơ lựa chọn sách còn thiếu sót so với quy định.
Một số địa phương gửi hồ sơ đề nghị Bộ GD-ĐT phê duyệt tài liệu giáo dục của địa phương quá muộn, vào thời điểm gần cuối năm học nên gặp khó khăn trong quá trình tổ chức thực hiện.
Đội ngũ giáo viên còn chưa đồng bộ về cơ cấu đối với cấp THCS và cấp THPT, nhất là khi triển khai thực hiện Chương trình giáo dục phổ thông 2018 có một số môn học mới. Số lượng giáo viên và cán bộ quản lí giáo dục còn thừa thiếu cục bộ. Đồng thời, số lượng giáo viên còn thiếu so với quy định, nhiều nhất là cấp tiểu học và môn Âm nhạc, môn Mỹ thuật ở cấp THPT.
Chất lượng đội ngũ giáo viên và cán bộ quản lí giáo dục không đồng đều, đặc biệt ở các vùng có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn; còn khoảng cách lớn so với các vùng thuận lợi.
Cùng đó, tình trạng thiếu trường, lớp còn tồn tại ở một số địa phương, trầm trọng tại một số khu đô thị, khu công nghiệp, khu chế xuất, các vùng sâu, vùng xa, khó khăn.
Một số địa phương thực hiện dồn ghép các cơ sở giáo dục một cách cơ học. Việc quy hoạch, dành quỹ đất, đầu tư xây dựng cơ sở vật chất trường học chưa phù hợp với quy chuẩn, tiêu chuẩn trường học.
Việc xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch giáo dục nhà trường ở một số cơ sở còn chưa phù hợp dẫn tới hiệu quả thực hiện chương trình một số môn học, hoạt động giáo dục mới còn hạn chế, chưa bảo đảm thực hiện đúng theo yêu cầu.
Việc phân công giáo viên đảm nhận các nội dung trong chương trình và xây dựng kế hoạch giáo dục đối với môn Khoa học tự nhiên, Hoạt động trải nghiệm, hướng nghiệp, Nội dung giáo dục địa phương của một số địa phương, nhà trường còn lúng túng.
Nhà trường chưa chủ động trong việc xây dựng phân phối chương trình các môn học theo tinh thần không nhất thiết phải chia đều số tiết/tuần, không nhất thiết phải dạy học ở tất cả các tuần nên gặp khó khăn trong việc bố trí giáo viên và xếp thời khóa biểu bảo đảm phù hợp với định mức giờ dạy/tuần.
Báo cáo cũng phân tích nguyên nhân của những tồn tại, hạn chế này.
Trong đó, báo cáo nhấn mạnh đổi mới chương trình, SGK giáo dục phổ thông theo định hướng phát triển phẩm chất, năng lực học sinh là một vấn đề lớn; lần đầu tiên thực hiện đồng bộ ở tất cả các cấp học là sự thay đổi lớn đối với toàn ngành.
Cùng đó, chủ trương xã hội hóa biên soạn SGK lần đầu tiên được thực hiện trong khi không có kinh nghiệm trong quá khứ và việc tham khảo, học tập kinh nghiệm quốc tế không áp dụng được nhiều vào bối cảnh nước ta.
Ngoài ra, lực lượng xã hội hóa tham gia biên soạn SGK theo chương trình mới trong cả nước mỏng, không có nhiều tổ chức, cá nhân có kinh nghiệm, năng lực tham gia biên soạn nên chất lượng còn hạn chế.
Việc thay đổi quan niệm về vai trò SGK từ chỗ lấy sách làm chuẩn để dạy học và kiểm tra, đánh giá (việc dạy học và kiểm tra, đánh giá, thi hoàn toàn dựa vào nội dung của SGK) sang việc dạy học, kiểm tra, đánh giá theo nội dung và yêu cầu cần đạt chương trình (SGK chỉ đóng vai trò là tài liệu dạy học chính) còn chưa theo kịp yêu cầu mới.
Việc triển khai thực hiện chương trình, SGK mới theo hình thức cuốn chiếu đồng thời ở cả 3 cấp học với tốc độ rất nhanh và trên diện rộng tất cả các địa phương, cơ sở giáo dục; giáo viên cùng một lúc phải thực hiện đồng thời cả chương trình mới và chương trình cũ là rào cản đối với việc thực hiện chương trình mới.
Bên cạnh đó, số lượng các cơ sở giáo dục phổ thông lớn, trải rộng khắp cả nước trong khi điều kiện kinh tế - xã hội của các địa phương còn khác nhau, mức độ xã hội hóa không đồng đều.
Giải pháp đặt ra nhằm tiếp tục triển khai việc đổi mới chương trình, SGK phổ thông là rà soát, hoàn thiện thể chế, chính sách để phát triển, hoàn thiện chương trình, nâng cao chất lượng SGK.
Giáo dục hướng tới thí điểm xây dựng SGK điện tử, tăng cường các điều kiện đảm bảo chất lượng giáo dục phổ thông về quy mô mạng lưới trường lớp, cơ sở vật chất, thiết bị dạy học và tài chính dành cho giáo dục đáp ứng yêu cầu đổi mới.
Báo cáo của Chính phủ cũng nhấn mạnh cần tiếp tục nghiên cứu xây dựng, bổ sung chính sách đặc thù cho giáo dục về kinh phí chi thường xuyên để đảm bảo điều kiện, nâng cao chất lượng giáo dục, thực hiện các chính sách trong học tập cho học sinh, sinh viên, hỗ trợ cho học sinh khó khăn.
Chính phủ đề nghị đoàn đại biểu Quốc hội các địa phương tăng cường giám sát việc thực hiện Nghị quyết 88 của Quốc hội để các địa phương thực hiện hiệu quả việc đổi mới chương trình, SGK.