Theo HĐXX, căn cứ vào các tài liệu, chứng cứ và lời khai của các bị cáo tại phiên tòa, có thể xác định, các tội danh mà VKS truy tố các bị cáo là đúng người, đúng tội, đúng pháp luật, không oan sai.
Hành vi phạm tội của các bị cáo là nguy hiểm, đã xâm phạm tới tài sản của Nhà nước nên cần phải xử lý nghiêm để răn đe, phòng ngừa chung.
Vì vậy, sau khi xem xét, HĐXX quyết định tuyên phạt bị cáo Nguyễn Vũ Bảo Hoàng (nguyên Tổng giám đốc Thuduc House) 4 năm tù về tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, 2 năm tù về tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”. Tổng hợp 2 tội là 6 năm tù.
Bị cáo Nguyễn Thị Bích Hạnh (nguyên Phó Cục trưởng Cục Thuế TP.HCM) 4 năm tù về tội “Vi phạm quy định về quản lý tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí".
Các bị cáo Đào Thị Nga (cựu cán bộ Chi cục Thuế quận 1) và Ngô Huỳnh Lũy (cựu cán bộ Chi cục Thuế quận 5) cùng nhận án 4 năm tù; bị cáo Nguyễn Phương Nam (cựu cán bộ Chi cục Thuế quận 3) 12 năm tù cùng về tội “Nhận hối lộ”.
7 bị cáo nguyên là cán bộ Hải quan Chi cục Hải quan Cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực I (Hải quan TP.HCM) gồm: Hoàng Trung Kiên, Nguyễn Duy Linh, Trần Văn Thành, Nguyễn Lê Hùng, Hồ Hoàng Hải, Bùi Hữu cùng nhận án 2 năm tù nhưng cho hưởng án treo. Bị cáo Phạm Duy Bình 3 năm tù nhưng cho hưởng án treo cùng về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng".
Các bị cáo còn lại cũng phải lãnh từ 5 tới 28 năm tù.
Về trách nhiệm dân sự, Tòa buộc Thuduc House phải trả cho Cục Thuế TP.HCM 365 tỷ đồng; buộc Công ty Sài gòn Tây Nam phải hoàn trả cho Cục thuế tỉnh Tây Ninh 153 tỷ đồng; Công ty Hoàng Nam Anh phải trả lại cho Cục thuế tỉnh Đồng Nai 19 tỷ đồng.
Xét thấy, số tiền hoàn thuế mà các bị cáo thực hiện đã chuyển cho Trịnh Tiến Dũng sử dụng. Tuy nhiên, hiện đối tượng Dũng đang bị truy nã nên buộc các bị cáo phải liên đới bồi hoàn số tiền hoàn thuế trên trả cho Thủ Đức House, Công ty Sài gòn Tây Nam và Công ty Hoàng Nam Anh.
Theo truy tố, từ năm 2016-2020, Trịnh Tiến Dũng (hiện đang bỏ trốn) đã chỉ đạo việc thành lập, sử dụng nhiều doanh nghiệp trong và ngoài nước để thực hiện hành vi phạm tội. Tại Việt Nam, Dũng dùng CMND của người khác hoặc CMND giả để lập công ty.
Theo chỉ đạo của Dũng, các công ty trong nước mua bán hàng hóa với nhau để hợp thức việc nâng khống giá trị hàng hóa bán hàng nhằm chuyển tiền trái phép từ nước ngoài về Việt Nam, hoặc lập hồ sơ mua hàng có giá trị cao ở nước ngoài để hợp thức việc chuyển tiền từ Việt Nam ra nước ngoài.
Dũng chỉ đạo cấp dưới móc nối với cán bộ, lãnh đạo Thuduc House để lập, ký 334 hợp đồng kinh tế với 8 công ty nước ngoài, sau đó lập hồ sơ gửi Cục Thuế TP.HCM đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng hơn 365 tỷ đồng.
Đối với hành vi "Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng" của nguyên 7 cán bộ hải quan Cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực I, cáo trạng cho rằng, 7 bị cáo này được phân công kiểm tra thực tế hàng hóa tại hải quan Cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực I. Tuy nhiên, các bị cáo đã không thực hiện đúng nhiệm vụ được giao dẫn đến việc không phát hiện được 4 lô hàng bị phân luồng "đỏ" khai báo hải quan không trùng khớp so với hàng hóa thực tế.
Mặc dù vậy, các cán bộ hải quan vẫn cập nhật thông tin lên hệ thống để thông quan cho các lô hàng và không phát hiện được hành vi buôn lậu của nhóm tội phạm.